Die Vegetation der natürlichen bzw. naturnahen Uferbereiche und Flachwasserzonen des Bodensees besteht aus verschiedenen, an die unterschiedlichen Standortverhältnisse angepassten Pflanzengesellschaften.

Die Flachwasserzone wird in Abhängigkeit von der Wassertiefe in einer typischen Abfolge von Wasserpflanzengesellschaften mit Armleuchteralgen, Laichkräutern und Schwimmblattpflanzen besiedelt.

Die Uferbereiche sind vor allem in Abhängigkeit vom Wasserhaushalt (insbesondere Wasserstandsschwankungen), dem Untergrund und der Nährstoffversorgung mit Strandrasen-Gesellschaften, Flutrasen, Schilfröhricht, Groß- und Kleinseggenrieden sowie Pfeifengraswiesen und Ufergehölzen bewachsen.

Das Bodensee-Vergissmeinnicht (Myosotis rehsteineri) ist eine speziell an die periodisch überschwemmten Kiesufer des Bodensees angepasste Pflanzenart, die im Wesentlichen nur am Bodensee vorkommt. Weitere Fundorte sind nur vom Starnberger See bekannt.

Im Frühjahr überzieht diese zierliche, in Polstern wachsende Vergissmeinnicht-Art wie ein blaues Band ganze Uferpartien. Im Spätsommer - nach dem Rückgang des Wassers - blüht die Art ein zweites mal, allerdings weniger üppig.

Das Bodensee-Vergissmeinnicht gehört zu der so genannten Strandschmielengesellschaft, einer hochgradig gefährdeten Pflanzengesellschaft, die zu den so genannten Strandrasen gezählt werden. Typische Vertreter sind der Ufer-Hahnenfuß und die namensgebende Strandschmiele.

Eine mäßige Trittbelastung vertragen diese Pflanzenarten, intensiver Badebetrieb oder das Ausufern von wilden Grillplätzen am Bodensee beeinträchtigen die Strandrasen zunehmend.

Die Mehlprimel (Primula farinosa) blüht von Mai bis Juni in Kleinseggenrieden und nicht zu dichten Streuwiesen des Wollmatinger Rieds. Mit bis zu 50.000 Exemplaren kann sie im Frühsommer ganze Wiesenbereiche rosa färben.

Die Art ist stark gefährdet und reagiert empfindlich auf Extrem-Hochwasser. So kamen nach den Hochwassern 1987 und 1999 jeweils nur eine Handvoll Pflanzen zur Blüte. Das Ausbreitungspotential der Mehlprimel ist jedoch sehr hoch. Die durch das Hochwasser entstandenen Vegetationslücken werden schnell besiedelt.

Verfilzt eine Fläche oder wird diese überhaupt nicht mehr gemäht, so stirbt die Mehlprimel unwiderruflich aus. Ihre Samen können nicht, wie bei vielen anderen Pflanzenarten, im Erdreich überdauern.

Eine typische und besonders auffällige Art der extensiv bewirtschafteten Streuwiesen ist die Sibirische Schwertlilie (Iris sibirica). Nach der Blüte Ende Mai bis Anfang Juni bildet die Pflanze auffallende rotbraune Samenkapseln, die im Herbst aufspringen.

Der Bestand dieser empfindlichen Irisart ist stark bedroht, und auch die meisten der letzten größeren Vorkommen am Bodensee sind rückläufig. Früher gehörten Entwässerungen und Bewirtschaftungsintensivierungen zu den Hauptgefährdungsursachen dieser Art, der aktuelle Rückgang am westlichen Bodensee kann allerdings noch nicht hinreichend erklärt werden. Wahrscheinlich spielt der Wasserhaushalt der Streuwiesen eine entscheidende Rolle - möglicherweise eine Auswirkung der globalen Klimaveränderung.

Eine der größten botanischen Kostbarkeiten des Wollmatinger Rieds ist die Sumpf-Siegwurz, eine einheimische Wildgladiole, die in den nährstoffarmen Streuwiesen ihren letzten Standort in Baden-Württemberg hat.

In den vom Blauen Pfeifengras dominierten Streuwiesen gedeihen Arten wie z.B. die Sumpfstendelwurz, Mücken- und Wohlriechende Händelwurz, Kleines und Fleischrotes Knabenkraut. Insgesamt wurden im Wollmatinger Ried bislang 25 Orchideenarten nachgewiesen, von denen jedoch sechs als verschollen gelten.